Saat ini Sekolah Semesta berdiri di 3 kampus yang lokasinya terpisah, yaitu Semesta Bilingual Boarding School yang terdiri dari jenjang SMP dan SMA berlokasi di Gunungpati, SD Semesta yang berlokasi di Srondol dan Semesta 2 yang terdiri dari jenjang PG, TK dan SMP berlokasi di Jangli. Sekolah Semesta Gunungpati merupakan sekolah tertua, berdiri pada bulan Mei 1999. SD Semesta merupakan sekolah Semesta kedua, berdiri pada tahun 2010. Sedangkan Sekolah Semesta Kampus 3 (Semesta School Campus 3) yang juga sering disebut sebagai Semesta Jangli berdiri pada tahun 2019.
Semesta Bilingual Boarding School atau yang lebih dikenal dengan sebutan Sekolah Semesta Gunungpati berada di bawah naungan Yayasan Al Firdaus. Pada awalnya, Sekolah Semesta hanya menerima siswa laki-laki. Hal ini berlangsung hingga tahun 2002, karena pada tahun ini SMP Semesta mulai menerima siswa perempuan. Pada tahun ajaran 2005/2006 SMA Semesta mulai menerima siswa perempuan. Hal ini ditandai dengan dioperasikannya gedung asrama putri yang mulai dibangun pada tahun 2004, dan pada akhirnya di tahun 2014, gedung ini diubah fungsinya menjadi gedung sekolah khusus untuk putri. Siswa SMP putra ditempatkan di asrama berlantai satu yang berada di sebelah Utara asrama putra SMA, sedangkan siswa SMP putri ditempatkan di asrama berlantai satu yang berada di sebelah Utara asrama SMP putra. Pada tahun 2013 gedung asrama putri terpadu (untuk siswa SMP dan SMA) mulai dibangun di sebelah Timur gedung sekolah putri, dan mulai digunakan pada tahun 2014.
Pada awal berdiri Sekolah Semesta Gunungpati merupakan sekolah nasional yang menggunakan kurikulum nasional plus, yang sering diartikan sebagai kurikulum nasional yang diperkaya dengan muatan internasional. Muatan internasional ini berupa penggunaan standar CEFR (Common European Framework of Reference) pada mata pelajaran Bahasa Inggris dan penggunaan Bahasa Inggris sebagai pengantar untuk mata pelajaran Matematika, Fisika, Kimia, dan Biologi. Pada tahun 2015 Sekolah Semesta berubah menjadi Satuan Pendidikan Kerjasama (SPK) berdasarkan Permendikbud No. 31 Tahun 2014. Perubahan ini mewajibkan Sekolah Semesta untuk bekerja sama dengan Lembaga Pendidikan Asing sebagai lembaga penyedia kurikulum. Pada tahun 2017 Sekolah Semesta secara resmi menggunakan kurikulum Cambridge yang berasal dari Cambridge International Examination dengan nomor ID244. Pada tahun ini pula Sekolah Semesta mulai menggunakan teknologi digital di dalam kelas, atau yang kami istilahkan sebagai Technology Integrated Classroom. Perangkat digital pertama yang digunakan adalah tablet PC keluaran Microsoft, Surface. Pada tahun 2018 Sekolah Semesta beralih ke ekosistem Google for Education dengan menggunakan perangkat Chromebook. Chromebook pertama yang digunakan adalah Acer Chromebook Flip R11 dan saat ini siswa Sekolah Semesta menggunakan Asus Chromebook Flip C214MA.
Sejarah Sekolah Semesta Gunungpati ditandai pula sejarah perjalanan kepemimpinannya. Kepemimpinan di Sekolah Semesta terdiri dari General Manager yang merupakan perwakilan yayasan, Kepala Sekolah, Koordinator Pendidikan dan Direktur Bimbingan. Sepanjang kurun waktu 1999-2016, perubahan hanya terjadi pada pergantian individu yang menjabat. Perubahan mulai terjadi pada tahun 2016, Koordinator Pendidikan yang sebelumnya dijabat oleh satu orang kemudian dirangkap oleh Kepala SMA. Kemudian pada tahun 2018, Kepala Sekolah untuk jenjang SMP dan SMA yang sebelumnya dijabat oleh satu orang dipecah menjadi 2 jabatan; Kepala SMP dan Kepala SMA. Berikut ini adalah jejak sejarah kepemimpinan di Sekolah Semesta:
General Manager
- Periode 1999-2001: Mr. Sezer Erdogan
- Periode 2001-2002: Mr. Fethullah Karakoc
- Periode 2002-2004: Mr. Ahmet Genc
- Periode 2004-2007: Mr. Abdulkerim Tursun
- Periode 2007-2014: Mr. Omer Demir
- Periode 2014-2016: Mr. Yusuf Biyik
- Periode 2016-2017: Mr. Muhammad Bayrak
- Periode 2017-2018: Mr. Kursad Duvarci
- Periode 2018-2019: Mr. Mehmet Cetin
- Periode 2019-2023 : Mr. Iskandar Mulia
- Periode 2023 – sekarang Mr. Andy Satria Purnama
A. Kepala Sekolah
- Periode 1999-2002: M. Ikhwan, S.Pd.
- Periode 2002-2003: Agus Junaidi, ST.
- Periode 2003-2004: Drs. Nurkholis, MM.
- Periode 2005-2006: M. Ja’far S.Ag.
- Periode 2006-2016: Moh. Haris, SE., M.Si.
- Periode 2016-2018: Imam Husnan Nugroho, ST., M.Pd.
Perubahan pada tahun 2018
- Kepala SMP
- Periode 2018-sekarang: Irham Niarsih, S.Si., M.Pd.
- Kepala SMA
- Periode 2018-2021: Didin Sopandi M.Si.
- Periode 2021- : Ahmad Nurani, ST., M.Pd.
B. Koordinator Pendidikan
- Periode 2007-2008: Mr. Ersin Arslan
- Periode 2008-2009: Mr. Ali Yavuz
- Periode 2009-2010: Mr. Ali Evmez
- Periode 2010-2011: Mr. Seyith Khan
- Periode 2011-2012: Mr. Hamza Karadag
- Periode 2012-2013: Mr. Hamzah Dwi Handoko
- Periode 2013-2016: Mr. Azamat Dzumanazarov
- Periode 2016-2018: Mr. Imam Husnan
- Periode 2018-2021: Mr. Didin Sopandi
- Periode 2021- : Ahmad Nurani
C. Direktur Bimbingan
- Periode 1999-2006: Huseyin Kan
- Periode 2006-2009: Yenal Aksoy
- Periode 2009-2010: Lutfi Guler
- Periode 2010-2012: Koksal Karasah
- Periode 2012-2013: Hamza Karadag
- Periode 2013-2014: Hasan Comce
- Periode 2014-2015: Ibrahim Inci
- Periode 2015-2018: Didin Sopandi
- Periode 2018-2020: Husen Abdillah
- Periode 2020-2024: Rahmat Maulidin
- Periode 2024 – Sekarang : Mehmet Duzenli
Kepala SD Semesta
- Tahun 2010-2016 : Siti Zubaidah, S.Sos., M.Si., M.Pd.
- Tahun 2016-2017 : Fandie Arfianto, S.Kom.
- Tahun 2017-2023 : Ita Rusita, S.S., S.Pd.
- Tahun 2023-sekarang : Sri Iswatiningrum, M.Pd.
Konselor
- Tahun 2017-2019 : Nudiya Lisholati, S.Pd.
- Tahun 2019-2020 : Tugba Yilmaz
- Tahun 2019-2023 : Arinda Lailatul Karimah, S.Pd.
- Tahun 2023-sekarang : Yusef Riza Murtini, S.Pd
SMP
A. Kepala Sekolah
- Periode 2019-2020: Nudiya Lisholati, M.Pd.
- Periode 2020-2023: Susan Ahsanti, S.Pd.
- Periode 2023- sekarang: Ita Rusita, S.S., S.Pd
PG TK
A. Kepala Sekolah
- Periode 2019-2020: Arinda Lailatul Karimah, S.Pd.
- Periode 2020-Sekarang: Nudiya Lisholati, M.Pd.
ID 
EN 